プラスミド作成は生命科学研究の基本手技の1つです。
しかしたくさん作れば作るほど、その管理が大変になるのも確か。
この記事では、そんなプラスミド管理に役立つツールを紹介します。
(プラスミドについてはプラスミドの基礎 【よく使うプラスミドベクターも】にまとめています)
この記事の内容
ApE
ApE(A plasmid Editor)はプラスミドを設計するためのDNA配列編集ソフトで2004年に開発されました。
遺伝子配列や制限酵素サイトの検索、2種類の配列のアライメントなどが簡単にできます。
日本語で作られた解説動画もあります。
https://youtu.be/GMmjvPRwN-A
Benchling
Benchlingは2012年に開発されたwebベースツールです。
研究者の支援をめざしており、日々のラボノートの記録や遺伝子解析、アラインメント、プライマー作成、アノテーション、BLASTといった、分子生物学の研究をやっていく上で必要なツールが一通り揃っているクラウド型ウェブサービスです。
Snapgene
Snapgeneは2012年に開発されたwebベースツールです。
ビジュアルで見やすく表示する機能に特化していて、配列を入れると自動的にアノテーションをつけて表示したり、gibsonなどの設計を支援する機能などを持っています。
Geneious
2012年に開発されたデスクトップツールGeneious。
様々なバイオインフォマティクスツールを一つにまとめたソフトウェアです。大規模な製薬企業や世界中の有名な研究所でも広く使用されています。
Genome Compiler
Genome Compilerは2013年に開発されたwebアプリ/デスクトップツールです。
Teselagen
2016年に開発されたwebアプリTeselagenの特徴はコードが公開されていることです。
こちらのページで、ネット上でデモを動かすことができます。
GenoCAD
2007年に開発されたwebアプリGenoCADは特に合成生物学を見据えたプラスミドデザインツールです。
Cello
2016年に開発されたwebアプリCelloはボストン大学のグループらによって開発されました。
数理モデリングに重きをおいているのが特徴的なツールです。
関連サイト・図書
この記事に関連した内容を紹介しているサイトや本はこちらです。
CRISPR-Casによるゲノム編集 【2010年代の総まとめ】
まとめ
最後に今回の内容をまとめます。
- プラスミドを管理するソフトウェアがある
- 多くのものはフリーソフト
- 得意な機能がそれぞれ違うので比較してから選ぶ
今日も【医学・生命科学・合成生物学のポータルサイト】生命医学をハックするをお読みいただきありがとうございました。
