ヘルステック 次世代シークエンサーでコロナを解読する【手順概説】 次世代シークエンサー (NGS) を使ってウイルスを検出するためにはさまざまなステップがありますが、この記事では各ステップで使われている主要なツールを紹介します。... Web master
ヘルステック コロナ研究に使われるデータベースやツール【情報科学が支える】 コロナウイルス研究を支えているのは情報科学による解析手法や各種データベースです。この記事では、これまで使われてきたリソースを紹介します。... Web master
ヘルステック T細胞受容体とペプチドの結合を深層学習で紐解く 【TCR-抗原の法則】 T細胞受容体 (TCR) と抗原ペプチドの結合は獲得免疫において重要なステップであり、これまで数多くの免疫学者による実験が行われてきました。機械学習技術の台頭とともに、その結合の予測にも使われるようになってきました。この記事では、特に深層学習による抗原ペプチド結合予測手法を俯瞰します。... Web master
ヘルステック がん研究を加速するウェブツール がんゲノムや遺伝子発現データなど、多様なデータが取得可能になりました。それらを手軽に扱えるウェブツールもいろいろ登場したので、本記事で紹介します。... Web master
ヘルステック がん研究に有用なゲノムやプロテオームリソース【TCGAだけではない】 近年のオミクス技術の発達により、がんに関するさまざまなデータが取得されてきました。そこでこの記事では、がん研究者なら絶対に押さえておきたいリソースを紹介します。... Web master
ヘルステック DockerでJupyter notebookを使う方法 【たった1行で起動できる】 バイオデータ解析になくてはならないJupyterNotebookを、Dockerから起動する方法をまとめています。面倒な環境構築は不要で、1行で使うことができます... Web master
ヘルステック がんの体細胞変異 (somatic mutation) を解釈する 【リソースを紹介】 がんの変異遺伝子を解釈するウェブツールをまとめました。プログラミングができなくても、ブラウザから簡単に調べることができます。... Web master
ヘルステック PythonのSymPyで微分方程式を解く方法 【ロトカヴォルテラを題材に】 SymPyを使えば簡単に数式展開もできます。この記事では、SymPyで微分方程式を解く方法を、数理生物学の基本の1つであるロトカヴォルテラ方程式を題材にコード付きで紹介します。... Web master
ヘルステック 生活習慣病と遺伝子型のデータ 【Metabolic Disease Portalの紹介】 メタボロームに関係する疾患は、生活習慣の変化もあって世界的に増えています。この記事では、遺伝子型とメタボローム関連病の関係についてのデータベースを紹介します。... Web master
ヘルステック Rによるヒートマップの作り方 【遺伝子クラスタリング・色の変更も】 生命科学・医学研究ではヒートマップを書くことは少なくありません。この記事では、Rを使ってヒートマップを書く実際の手順を紹介します。... Web master
ヘルステック NGS生データの登録方法の概要 【DDBJの例】 論文を投稿するときには、そのデータを公共データベースに登録することが要求されます。この記事ではDDBJ-DRAにfastqファイルを登録する方法の概要について紹介します。... Web master
ヘルステック ColabとGoogle Drive、GCSの読み込み法 【手順を解説】 この記事では、Google Colabをハブにして、Googleが運営する他のサービス、具体的にはGoogle Cloud Storage (GCS)とGoogle Driveの連携について紹介します。... Web master
