ヘルステック Rにおけるグラフの書き方入門【簡単なスクリプトコピペでOK】 この記事では、R Graphical Manualを使ったグラフの書き方について紹介します。Rについての専門的な技術がなくてもグラフを書くことができるツールEZRやBoxPlotRも合わせて紹介しています。... H Shimizu
ヘルステック 大規模画像データ解析に使うソフト 【ImageJとそのプラグインを中心に】 生命科学・医学においては、CTやMRI、手術標本の病理 (顕微鏡) 画像、あるいは近年話題になっている臓器を透明化して超解像顕微鏡で生命現象を探求する方法などで、とても大きな画像データがたくさん得られます。この記事では、そういった大画像データを処理するのに使えるツールをまとめました。... H Shimizu
ヘルステック シングルセル解析に使うR/Bioconductorパッケージ 【入門編】 1細胞解析は、生命科学研究にとってますます重要になりつつあります。この記事では、1細胞解析に使われるBioconductorパッケージについて紹介します。... H Shimizu
ヘルステック エンハンサー解析に使えるデータベース 【ウェブツール7つ】 遺伝子の発現量を調節する要素はプロモーターだけでなくヒストン修飾などのエピジェネティクスを含めた様々ありますが、その1つにエンハンサーが含まれています。この記事では、エンハンサーに取り組む生命科学系の学生さんに向けて無料で使える代表的なデータベースを紹介します。... H Shimizu
ヘルステック Google Colaboratoryでデータサイエンスを始めよう【使い方入門】 Googleが運営する、無料のPython環境がGoogle Colaboratoryで、データサイエンス・機械学習だけでなく生命科学研究の現場でも広く使われています。この記事では、Google Colaboratoryの入門的な使い方を解説します。... H Shimizu
ヘルステック タンパク質の代表的なデータベース7つ【まずはここから】 この記事では、普段あまりコンピューター解析に馴染みがない方に向けて、マウスクリックで操作できる代表的なタンパク質データベースをまとめました。... H Shimizu
ヘルステック ChIP-on-chipアッセイのデータ解析 【公共データを活用する】 公共データを使ったChIP-on-chipの再解析の例として、この記事ではデータのダウンロードの方法から統計ソフトRを使った具体的なコードを紹介します。... H Shimizu
ヘルステック プラスミド管理ソフトウェア8選 【プラスミドの図の作成もできる】 プラスミド作成は生命科学研究の基本手技の1つです。この記事では、そんなプラスミド管理に役立つツールを紹介します。... H Shimizu
ヘルステック GGGenome, GGRNAの使い方 【塩基配列検索を高速に】 ある塩基配列がゲノム中にあるのか、あるならばどこにあるのかを知りたいことは多々あります。この記事では、そんな時に役に立つウェブツールGGGenome (ゲゲゲノム) を紹介します。... H Shimizu
ヘルステック 【図解】PubMedの使い方【生命医学論文検索方法と日本語パブメド】 生命医学の研究や診療に欠かせない文献調査。最も大きな論文データベースPubMed (パブメド) の使い方を、特に初めての方に向けて写真入りでまとめました。... H Shimizu
ヘルステック マイクロRNAのデータベース20選【miRNAの配列・発現・解析】 マイクロRNAは、22塩基ほどの小さな核酸ですが、生命科学において非常に重要な役割を担っています。この記事では、主にマイクロRNAの実験に携わる方に向けて、執筆時点で利用可能なデータベースやウェブツールをまとめました。... H Shimizu
ヘルステック プリプリントサーバーbioRxivのメリット 【活用法の話】 近年では研究成果を「雑誌」ではなくネット上のbioRxivなどのプリプリントサーバーにアップするケースも増えています。この記事ではプリプリントサーバーのメリットについて考えてみます。... H Shimizu
