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感染症の広がりをシミュレーションするSIRモデルには発展型があります。この記事では、もう少し複雑なモデルについてシミュレーションコードとともに紹介します。...

感染症の広がり方を予測する代表的な数理モデルがSIRモデルです。この記事では、SIRモデルの基本を説明し、pythonによるシミュレーション例を示します。...

抗がん剤がどれくらい効くのか、を機械学習で予測する方法も開発されてきています。この記事では、そういった手法の概要やリソースについて紹介します。...

Rにはデータの可視化をするためのライブラリーであるggplot2があり広く使われていますが、Pythonからでもggplot2が使えます。この記事ではplotnineというパッケージを紹介し、Pythonでggplot2を使う方法を紹介します。...

遠いホモログ配列を感度良く検出する方法がPSI-BLASTです。この記事では、PSI-BLASTの基盤となっているPSSMやProfileの計算法について簡単に紹介した後、実際にPSI-BLASTを使っていきます。...

ビッグデータや人工知能など、データサイエンスの重要性はますます高まっています。この記事では、データサイエンスの情報源になる、海外の良質なブログを紹介します。...

似たようなタンパク質の既知の構造を使って未知のタンパク立体構造を予測するホモロジーモデリングを行う代表的なツールSWISS-MODELを紹介します。 この記事ではSWISS-MODELの使い方を実際の解析例とともに紹介します。...

生命科学研究のためのLinuxシェルコマンド、今回は複数のコマンドを連結するパイプとコマンド置換を中心に、ファイルの移動・コピーをするコマンドや、検索をするgrepコマンドなどを紹介していきます。...

ウェブブラウザさえあればどこからでも手軽に使えるGoogleのColaboratory (Colab) が、よりパワーアップしColab Proという名前で登場しました。この記事ではColab Proを日本から使う方法についてまとめます。...

バイオインフォマティクス解析を行う時には、Linuxベースのコマンドを使うことが避けて通れません。この記事では、ファイルに出力する方法とコマンドのオプションについて最低限をまとめます。...

バイオインフォマティクス解析を行う時には、Linuxベースのコマンドを使うことが避けて通れません。この記事ではLinuxコマンド入門について、これまでデータ解析に馴染みがない方に向けて紹介します。...

クラスタリングには代表的な方法がいくつか知られていますが、この記事ではkmeans法を中心にしてクラスター数を自動で判定するエルボー法も含めて紹介します。...