ヘルステック 感染症のSIRモデル発展編 【数理モデルの拡張】 感染症の広がりをシミュレーションするSIRモデルには発展型があります。この記事では、もう少し複雑なモデルについてシミュレーションコードとともに紹介します。... H Shimizu
ヘルステック 感染症のSIRモデル入門編 【シミュレーションコードあり】 感染症の広がり方を予測する代表的な数理モデルがSIRモデルです。この記事では、SIRモデルの基本を説明し、pythonによるシミュレーション例を示します。... H Shimizu
ヘルステック 抗がん剤の感受性を予測する 【機械学習方法とリソース】 抗がん剤がどれくらい効くのか、を機械学習で予測する方法も開発されてきています。この記事では、そういった手法の概要やリソースについて紹介します。... H Shimizu
ヘルステック Pythonでggplot2を使って可視化する 【plotnine入門】 Rにはデータの可視化をするためのライブラリーであるggplot2があり広く使われていますが、Pythonからでもggplot2が使えます。この記事ではplotnineというパッケージを紹介し、Pythonでggplot2を使う方法を紹介します。... H Shimizu
ヘルステック PSI-BLASTでホモログ配列を検索する【PSSMやProfileの計算法も】 遠いホモログ配列を感度良く検出する方法がPSI-BLASTです。この記事では、PSI-BLASTの基盤となっているPSSMやProfileの計算法について簡単に紹介した後、実際にPSI-BLASTを使っていきます。... H Shimizu
ヘルステック 海外のデータサイエンスブログ10選 【最新情報・スキルを身につける】 ビッグデータや人工知能など、データサイエンスの重要性はますます高まっています。この記事では、データサイエンスの情報源になる、海外の良質なブログを紹介します。... H Shimizu
ヘルステック SWISS-MODELの使い方 【タンパクホモロジーモデリング入門】 似たようなタンパク質の既知の構造を使って未知のタンパク立体構造を予測するホモロジーモデリングを行う代表的なツールSWISS-MODELを紹介します。 この記事ではSWISS-MODELの使い方を実際の解析例とともに紹介します。... H Shimizu
ヘルステック 生命科学のためのLinuxシェルコマンドの基本2【パイプとコマンド置換】 生命科学研究のためのLinuxシェルコマンド、今回は複数のコマンドを連結するパイプとコマンド置換を中心に、ファイルの移動・コピーをするコマンドや、検索をするgrepコマンドなどを紹介していきます。... H Shimizu
ヘルステック Google Colab Proを日本から使う方法 【コスパの比較もあり】 ウェブブラウザさえあればどこからでも手軽に使えるGoogleのColaboratory (Colab) が、よりパワーアップしColab Proという名前で登場しました。この記事ではColab Proを日本から使う方法についてまとめます。... H Shimizu
ヘルステック 生命科学のためのLinuxシェルコマンドの基本1 【リダイレクトとオプション】 バイオインフォマティクス解析を行う時には、Linuxベースのコマンドを使うことが避けて通れません。この記事では、ファイルに出力する方法とコマンドのオプションについて最低限をまとめます。... H Shimizu
ヘルステック バイオ研究のためのLinuxシェルコマンド超入門 【まずはこの6コマンドから】 バイオインフォマティクス解析を行う時には、Linuxベースのコマンドを使うことが避けて通れません。この記事ではLinuxコマンド入門について、これまでデータ解析に馴染みがない方に向けて紹介します。... H Shimizu
ヘルステック K-meansクラスタリングとDBSCAN クラスタリングの比較例 【Pythonコードとエルボー法も】 クラスタリングには代表的な方法がいくつか知られていますが、この記事ではkmeans法を中心にしてクラスター数を自動で判定するエルボー法も含めて紹介します。... H Shimizu
