インターネットの必須技術の1つJavascript、それが生命科学研究にも使われるようになってきました。
この記事では、Javascriptの便利ツールであるライブラリーについて、生命科学に焦点を当てて見ていきます。
この記事の内容
Javascript (ジャバスクリプト) とは
JavaScript (ジャバスクリプト) は、いろいろな環境で動くプログラミング言語です。主にWebブラウザで使われていて、Webページに動きをつけたり、計算させたり、いろいろできます (当サイトでも使っています)。
複雑な環境を用意しなくてもcodepenなどで簡単に学習を始められるということもあり、javascriptを身につけている人もどんどん増えています。
そんなJavaScriptは、生命科学系の研究でも使われるようになってきました。研究成果を広く世の中に公開したいときに作成されるデータベースやウェブツールの多くでは、既にjavascriptが活躍しています。
Javascriptでは、自分で1から構築しなくても、他の人が作ってくれた便利なツール (ライブラリーといいます) を組み込むすることで手軽に高度な機能を利用できます。
この記事の残りの部分では、無料で使えるバイオ系のJavascriptライブラリーを見ていきます。
バイオにも使われるグラフィクス関係のjavascriptライブラリー
d3.js
D3.jsはおそらく最も有名なグラフィクスライブラリーで、データ分析のさまざまなところに利用されています。
Three.js
Three.jsは、Webを使用したアニメーション3Dグラフィックス用のライブラリとしては最もよく使われています。
生命科学に特化したものではないですが、このライブラリーを使えば分子のアニメーションなどを簡単に作製することが出来ます。
バイオ専用のjavascriptライブラリー
BioJS
BioJSは、ウェブ技術を使ってデータを視覚化し処理することを目的とする、100以上のツールが使えるライブラリです。
bionode
bionodeは、バイオインフォマティクス解析のための、UNIXコマンドラインツールやJavaScript APIがセットになったものです。
JSAV
JSAVは、最も最初期の頃からある配列アラインメントを行うjavascriptライブラリーです。
MSAViewer
MSAViewerもJSAVと同じくアラインメントを行うライブラリーですが、複数のアラインメントを行うことに特化しています。動画があるのでご覧ください。
BioCircos.js
BioCircos.jsを使うと、circosマップをwebで描くことができます。
Phy3D
Phy3Dはブラウザで系統樹を視覚化するためのライブラリーです。
Scribl
Scriblはゲノムのアノテーションを表示することができるjavascriptライブラリーです。
NtSeq
NtSeqはJavaScriptで書かれたBioinformaticsライブラリーで、DNA配列操作や分析ツールを提供しています。
jHeatmap
jHeatmapはブラウザ上でヒートマップを表示することが可能なjavascriptライブラリーです。
3Dmol.js
3Dmol.jsは分子をwebで可視化することができるライブラリーです。
Cytoscape.js
Cytoscape.jsはさまざまなネットワーク構造を可視化したり解析するツールです。生命科学領域では、特にシグナル伝達経路やタンパク相互作用解析に使われています。
まとめ
最後に今回の内容をまとめます。
- Javascriptは生命科学研究にも使われるようになってきた
- 研究成果をデータベースとして公表するときにも便利
- BioJSなどバイオ系のまとめライブラリーがある
今日も【医学・生命科学・合成生物学のポータルサイト】生命医学をハックするをお読みいただきありがとうございました。
