生命科学系のJavascriptライブラリー
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インターネットの必須技術の1つJavascript、それが生命科学研究にも使われるようになってきました。

この記事では、Javascriptの便利ツールであるライブラリーについて、生命科学に焦点を当てて見ていきます。

Javascript (ジャバスクリプト) とは

JavaScript (ジャバスクリプト) は、いろいろな環境で動くプログラミング言語です。主にWebブラウザで使われていて、Webページに動きをつけたり、計算させたり、いろいろできます (当サイトでも使っています)。

複雑な環境を用意しなくてもcodepenなどで簡単に学習を始められるということもあり、javascriptを身につけている人もどんどん増えています。

そんなJavaScriptは、生命科学系の研究でも使われるようになってきました。研究成果を広く世の中に公開したいときに作成されるデータベースやウェブツールの多くでは、既にjavascriptが活躍しています。

Javascriptでは、自分で1から構築しなくても、他の人が作ってくれた便利なツール (ライブラリーといいます) を組み込むすることで手軽に高度な機能を利用できます。

この記事の残りの部分では、無料で使えるバイオ系のJavascriptライブラリーを見ていきます。

バイオにも使われるグラフィクス関係のjavascriptライブラリー

d3.js

D3.jsはおそらく最も有名なグラフィクスライブラリーで、データ分析のさまざまなところに利用されています。

Three.js

Three.jsは、Webを使用したアニメーション3Dグラフィックス用のライブラリとしては最もよく使われています。

生命科学に特化したものではないですが、このライブラリーを使えば分子のアニメーションなどを簡単に作製することが出来ます。

バイオ専用のjavascriptライブラリー

BioJS

BioJSは、ウェブ技術を使ってデータを視覚化し処理することを目的とする、100以上のツールが使えるライブラリです。

bionode

bionodeは、バイオインフォマティクス解析のための、UNIXコマンドラインツールやJavaScript APIがセットになったものです。

JSAV

JSAVは、最も最初期の頃からある配列アラインメントを行うjavascriptライブラリーです。

MSAViewer

MSAViewerもJSAVと同じくアラインメントを行うライブラリーですが、複数のアラインメントを行うことに特化しています。動画があるのでご覧ください。

BioCircos.js

BioCircos.jsを使うと、circosマップをwebで描くことができます。

Phy3D

Phy3Dはブラウザで系統樹を視覚化するためのライブラリーです。

Scribl

Scriblはゲノムのアノテーションを表示することができるjavascriptライブラリーです。

NtSeq

NtSeqはJavaScriptで書かれたBioinformaticsライブラリーで、DNA配列操作や分析ツールを提供しています。

jHeatmap

jHeatmapはブラウザ上でヒートマップを表示することが可能なjavascriptライブラリーです。

3Dmol.js

3Dmol.jsは分子をwebで可視化することができるライブラリーです。

Cytoscape.js

Cytoscape.jsはさまざまなネットワーク構造を可視化したり解析するツールです。生命科学領域では、特にシグナル伝達経路やタンパク相互作用解析に使われています。

まとめ

最後に今回の内容をまとめます。

  • Javascriptは生命科学研究にも使われるようになってきた
  • 研究成果をデータベースとして公表するときにも便利
  • BioJSなどバイオ系のまとめライブラリーがある

今日も【医学・生命科学・合成生物学のポータルサイト】生命医学をハックするをお読みいただきありがとうございました。

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