ヘルステック Pythonでggplot2を使って可視化する 【plotnine入門】 Rにはデータの可視化をするためのライブラリーであるggplot2があり広く使われていますが、Pythonからでもggplot2が使えます。この記事ではplotnineというパッケージを紹介し、Pythonでggplot2を使う方法を紹介します。... Web master
ヘルステック PSI-BLASTでホモログ配列を検索する【PSSMやProfileの計算法も】 遠いホモログ配列を感度良く検出する方法がPSI-BLASTです。この記事では、PSI-BLASTの基盤となっているPSSMやProfileの計算法について簡単に紹介した後、実際にPSI-BLASTを使っていきます。... Web master
ヘルステック 海外のデータサイエンスブログ10選 【最新情報・スキルを身につける】 ビッグデータや人工知能など、データサイエンスの重要性はますます高まっています。この記事では、データサイエンスの情報源になる、海外の良質なブログを紹介します。... Web master
ヘルステック SWISS-MODELの使い方 【タンパクホモロジーモデリング入門】 似たようなタンパク質の既知の構造を使って未知のタンパク立体構造を予測するホモロジーモデリングを行う代表的なツールSWISS-MODELを紹介します。 この記事ではSWISS-MODELの使い方を実際の解析例とともに紹介します。... Web master
ヘルステック 生命科学のためのLinuxシェルコマンドの基本2【パイプとコマンド置換】 生命科学研究のためのLinuxシェルコマンド、今回は複数のコマンドを連結するパイプとコマンド置換を中心に、ファイルの移動・コピーをするコマンドや、検索をするgrepコマンドなどを紹介していきます。... Web master
ヘルステック Google Colab Proを日本から使う方法 【コスパの比較もあり】 ウェブブラウザさえあればどこからでも手軽に使えるGoogleのColaboratory (Colab) が、よりパワーアップしColab Proという名前で登場しました。この記事ではColab Proを日本から使う方法についてまとめます。... Web master
ヘルステック 生命科学のためのLinuxシェルコマンドの基本1 【リダイレクトとオプション】 バイオインフォマティクス解析を行う時には、Linuxベースのコマンドを使うことが避けて通れません。この記事では、ファイルに出力する方法とコマンドのオプションについて最低限をまとめます。... Web master
ヘルステック バイオ研究のためのLinuxシェルコマンド超入門 【まずはこの6コマンドから】 バイオインフォマティクス解析を行う時には、Linuxベースのコマンドを使うことが避けて通れません。この記事ではLinuxコマンド入門について、これまでデータ解析に馴染みがない方に向けて紹介します。... Web master
ヘルステック K-meansクラスタリングとDBSCAN クラスタリングの比較例 【Pythonコードとエルボー法も】 クラスタリングには代表的な方法がいくつか知られていますが、この記事ではkmeans法を中心にしてクラスター数を自動で判定するエルボー法も含めて紹介します。... Web master
ヘルステック NCBI Genome Data Viewerの使い方 【バイオデータベース解説シリーズ】 NCBIは生命科学系のさまざまなデータを集積していますが、その公式のゲノムビューワーがGenome Data Viewerです。この記事では、Genome Data Viewerの使い方をいくつかの例とともに紹介します。... Web master
ヘルステック 標準偏差SDと標準誤差SEの使い分け 【両者の違いとRコード】 標準偏差 (SD)と標準誤差 (SE) は、似たような名前ではありますがその意味するところは大きく違います。これらを正しく理解し、使い分ける方法についてこの記事で紹介します。... Web master
ヘルステック Biopython入門 - 後編 【系統樹・ゲノムデータの可視化】 Biopythonはプログラミング言語Pythonをベースにした生命科学研究のためのパッケージで、その基礎的な使い方を3回に渡って紹介しています。今回は、Biopythonを使った生命科学データの可視化を紹介します。... Web master
