生命医学の研究や診療に欠かせない文献調査。最も大きな論文データベースPubMed (パブメド) の使い方を、特に初めての方に向けて写真入りでまとめました。
また、日本語で検索できるPubMedもあるので、合わせて紹介しています。
この記事の内容
PubMedとは
PubMed (パブメド) は、生命医学分野における最も有名な論文検索エンジンです。
生命科学、医学、薬学、齒学、獣医学、看護学、健康科学、農学など、広い意味の「バイオ系」全てを対象としています。
1950年以降の文献が収録され、1997年からインターネットでの無料公開が始まりました。
NCBI(米国国立バイオテクノロジ-情報センター)が作成している、Entrez (アントレ) という統合分子生物学データベースの一部になっています。
バイオ系の学術論文を検索する上で避けては通れないツールです。
PubMedの基本的な検索方法
それでは実際に「p53」「mutation」という検索ワードで調べてみます。
まずはPubMedにアクセスし、検索ボックスに入力します。通常のgoogle検索と同じで、スペースを開けるとAND検索 (p53かつmutation) という意味になります。
右端にあるSearchボタンを押した結果がこちらです。28000件ほどの論文がヒットしました (きっと今ではもっと増えているでしょう)。
左側にあるのはこの検索をした時の論文数の年次変化で、どんどん増えていることがわかります。
論文タイトルと、どの雑誌にいつ掲載されたのか、そして要約を見ることができます。
タイトルをクリックすると詳細ページになります。
一般的な論文は原著論文と呼ばれるタイプですが、この例では総説 (review) という専門家による論文解説記事であることがわかります。
論文の本文を読みたければ、右上にある各出版社のロゴをクリックします (論文の出版社のサイトに移動します)。
詳細ページの下の方には、この論文と似た論文を自動で列挙していて、またこの論文を引用している論文の一覧も見ることができます。
ここまでが基本的な検索方法でした。
Advanced searchによる発展的な検索方法
PubMedトップページに戻って少し発展的な使い方を見てみます。
小さな文字で書かれているAdvancedをクリックします。
次のページで、All Fieldsをクリックすると開くドロップダウンから、Title/Abstract (タイトル/要約) を選択してみます。
例えば、colon cancer (大腸がん) を入力して、一番右のADD (追加) ボタンをクリックします。
そうすると、このようにQuery boxにcolon cancer [title/abstract]というのが入ります。
この状態で検索すると、タイトルまたは要約にcolon cancerが使われている論文のみが検索対象になります。
以前の検索結果を使うこともできます。例えばHistory and Search Details (検索履歴) に残っている、先ほど基本編で検索したp53 mutationの横にある ... というところをクリックし、Add with ANDを選択してみます。
そうするとcolon cancerという単語をタイトルか要約に含み、かつ論文中にp53 mutationを含むもの、というより絞りこんだ検索が可能です。
ここで使われた[title/abstract]は、タグと呼ばれ、いろいろなタグを使うことでより詳細な検索を行うことができます。
例えば、論文が掲載された雑誌で検索したい時には、Journalを選ぶことができます。ここではnatureを選択しました。
複数まとめて入れることもできて、右の方にあるShow Indexをクリックすると雑誌の一覧が出てくるので、お目当の雑誌を複数選択できます。
あるいは著者名で絞り込むこともできますし、Date-Publicationを選択すれば出版年で検索することも可能です。
ただで論文を読めるPubMed Central (PMC)
論文を掲載している学術誌は、今でこそオープンアクセスといって読者はタダで論文を読めるものもあります (その代わり論文を執筆した著者は高い掲載料を払う必要がありますが)。
しかし多くの場合、学術誌を読むためにはお金がかかります (大学等の機関が契約していれば自由に読めますが)。
一方で、PubMed Central (PMC) に登録されている論文については自由に読むことができます。
最近では、Cell誌などある一定期間が経過した古いものについては自由に読める雑誌も増えてきました。
PMCは論文の詳細ページの右上にPMC用のリンクがあるので、一目で分かります。
新着論文を自動で収集する
研究をやっていると、あるテーマについての新しい論文が出たらすぐに知りたいものです。
その場合、一度検索した検索式を使って、新しいものが出たらお知らせしてくれるように設定できます。Create Alertボタンを押すと、たくさんのお知らせの方法が出てくるので好きなものを選べます。
Single Citation Matcherで一発でお目当の論文を探し出す
目的の論文が1つある時、通常のPubMedよりもSingle Citation Matcherを使った方が早いかもしれません。
PubMedトップページの下側にリンクがあります。
あるいはここからもSingle Citation Matcheに飛びます。
雑誌や掲載年、著者名、タイトルなど、わかるものを一部入れるだけで、目的の論文を探し出すことができます。
日本語で検索できるPubMed
本家のPubMedは原則英語なのですが、日本語で検索できるPubMedも登場してきています。
対応している論文数は本家に及びませんが、英語が苦手ならば試してみてもいいでしょう。
お試し翻訳サイト (株式会社ロゼッタ)
Bibgraph (株式会社エクスメディオ)
関連サイト・図書
この記事に関連した内容を紹介している本やサイトはこちらです。
PubMed tutorial (英語)
まとめ
最後に今回の内容をまとめます。
- 生命医学論文検索はPubMedで行う
- タグを使うことで複雑な検索もできる
- 日本語で検索できるPubMedも登場している
今日も【医学・生命科学・合成生物学のポータルサイト】生命医学をハックするをお読みいただきありがとうございました。
